Während sich Darth Vader zum Jedi-Tempel aufmacht, um das Hauptquartier der Jedi mit der 501. Klontruppengarnison anzugreifen, spielt Palpatine seinen letzten Trumpf aus: Order 66, der Befehl an alle Klonsoldaten in der Galaxis, ihre Jedi-Generäle zu ermorden.
Auf Mygeeto fällt Ki-Adi-Mundi...
Auf Felucia Aayla Secura und Barriss Offee...
Auf Kashyyyk Luminara Unduli und Quinlan Vos...
Im Tempel selbst findet das grausigste Morden statt: Anakin ermordet persönlich die jungen Padawane, für ihn gibt es keine Rückkehr mehr von der Dunklen Seite. Anakin Skywalker ist tot, verschlungen von Darth Vader.
Auf Coruscant bemerkt Bail Organa inzwischen, daß der Jedi-Tempel in Flammen steht. Er landet am Tempel und stößt auf eine Abteilung Klone, die ihn darüber informieren, daß ein Aufstand stattgefunden habe. Doch im nächsten Augenblick wird Organa Zeuge, wie ein junger Jedi unter dem Feuer der Klone versucht, aus dem Tempel zu entkommen, der von einer sicheren Zuflucht zur Todesfalle geworden ist. Vor Organas Augen, strecken die Klonsoldaten das Kind nieder, um kurz darauf, als Organa sich in seinen Gleiter wirft und in Sicherheit zu bringen sucht, auch auf ihn zu feuern. Doch er ist kein Jedi, und so lassen sie ihn laufen. Fürs erste.
Das Blut der Jedi noch an den Fingern, besucht Darth Vader Padmé, welche ebenfalls den Jedi-Tempel brennen sah. Vader offenbart ihr, daß die Jedi versucht hätten, die Republik zu stürzen, was sie nur schwer glauben kann. Vader erklärt, daß seine Loyalität der Republik gehöre, dem Kanzler und... ihr. Außerdem gäbe es Verräter im Senat. Padmé will fort, fort von Coruscant und diesem Krieg, sie will, daß ihr Kind an einem sicheren Ort aufwächst. Anakin erklärt, daß Coruscant sicher sei, daß eine Neue Ordnung eingekehrt sei und er sie beschützen werde. Padmés Angst lindert das nicht.
Anakin erzählt ihr, daß er ins Mustafar-System reisen werde, um die letzten Separatisten zu beseitigen und den Krieg zu beenden.
Auf Bail Organas Schiff, der Tantive IV, ist es Organas Besatzung inzwischen, trotz heftigen Widerstands der Klone, gelungen, ein Funkfeuer der Jedi zu erbeuten. Damit will Organa möglicherweise noch lebende Jedi finden.
Die gibt es auch wirklich. Mit Hilfe der Wookiees, ist Meister Yoda mit knapper Not die Flucht in einer planetengestützten Rettungskapsel gelungen, während sich Obi-Wan auf Utapau zu seinem Raumjäger durchschlagen konnte.
Auf der Tantive IV findet eine Lagebesprechung statt. Die Jedi beschließen, daß das Funksignal, das vom Tempel aus alle Jedi in der Galaxis auffordert, nach dem Ende des Krieges nach Hause zurückzukommen, abgeändert werden muß.
Inzwischen erreicht Vader Mustafar. Dort informiert Darth Sidious die Anführer der Separatisten gerade über das Ende des Krieges und daß sein neuer Schüler, Darth Vader, sich ihrer annehmen wird. Was dieser auch tut. Ohne Gnade schlitzt Vader die Separatisten der Reihe nach auf. Nute Gunray stirbt als letzter von ihnen.
Im Galaktischen Senat berichtet Palpatine den Senatoren währenddessen über den heimtückischen Verrat der Jedi. Er habe Narben davongetragen, erklärt Palpatine, aber seine Entschlossenheit sei nie größer gewesen. Im Namen von Sicherheit und Stabilität macht er dann den letzten Zug in seinem langen Spiel um die Herrschaft in der Galaxis: er erklärt die Neuorganisierung der Republik in Form des Ersten Galaktischen Imperiums, regiert von einem Senat, beherrscht von einem auf Lebenszeit gewählten Souverän.
"So stirbt die Freiheit... unter tosendem Beifall."
Meister Yoda und Obi-Wan erreichen inzwischen den Tempel der Jedi. Sie kämpfen sich durch Reihen von Klonen und dringen in den Tempel vor.
Allerorten tote Jedi, wenige Erwachsene und viele, viele Kinder.
Im Rechenzentrum des Tempels kehrt Obi-Wan das Rückkehrsignal um. Die neue Botschaft: "flieht!"
Dann spielt er die Holoaufnahme des Überwachungssystems ab. Und muß mitansehen, wie Anakin Jedi tötet... und vor Palpatine niederkniet. Obi-Wan ist schockiert, er kann diesen Verrat nicht begreifen.
Meister Yoda trifft eine Entscheidung: die Sith müssen vernichtet werden. Obi-Wan soll Vader aufspüren, während sich Yoda Palpatine vornimmt. Widerwillig nimmt Obi-Wan den Auftrag an.